Äh, doch. Baumwollfasern bestehen aus Zellulose, das ist ein Kohlenhydrat. Haare bestehen aus Keratin, also Protein. Jeans und Haare sind also zwar beides Fasern, aber chemisch sehr verschiedene. Ohne es exakt zu wissen, kann ich mir gut vorstellen, dass die Färbung mit Indigo bei Haar/Wolle chemisch etwas anders funktioniert als bei Baumwolle, sich das Indigo beispielsweise an anderen Stellen bindet, und dass möglicherweise ein Entfärber, der die Verbindung mit Zellulose löst, bei Keratin nicht (so gut) wirkt oder mehr Schaden anrichtet als zu nutzen. Um die theoretische Wirksamkeit zu testen, müsste man ein Stück Wolle mit Indigo einfärben und dann mit dem Zeug behandeln, um zu gucken ob die Farbe denn auch rausgeht und die Wolle an sich das überlebt.
Unabhängig davon würde ich wegen starker gesundheitlicher Bedenken die Finger davon lassen. So sehr man sich vornimmt, die Kopfhaut unangetastet zu lassen - mit Chemikalien am Kopf / in Kopfnähe zu hantieren ist grundsätzlich gefährlicher als irgendwo auf einem Tisch eine halbe Armlänge entfernt damit zu arbeiten. Auch bei friedlich aussehenden Lösungen bilden sich oft Dämpfe die man allzu leicht einatmet, und dieses Zeug ist nochmal ne ganze Größenordnung giftiger als das was sonst so in chemischen Haarfärbemitteln drin ist. Ich rate davon ab, damit die eigenen Haare zu behandeln. Im Ernstfall wären womöglich sogar noch die hinzugezogenen Ärzte ratlos, weil eine Vergiftung damit ja nicht gerade alltäglich ist.

Es muss weniger gefährliche Möglichkeiten geben, das Haarfarbproblem anzugehen.
Was ich mir vorstellen könnte zur Gefahrenminimierung (ich empfehle es trotzdem generell nicht!), wäre höchstens folgendes: Haare ab Schulter- oder Achselhöhe mit der Lösung tränken, auslaufsicher in Folie wickeln und einwirken lassen, danach gründlich ausspülen. Unbedingt in gut gelüftetem Zimmer oder besser draußen durchführen. Gummihandschuhe tragen, am besten nach dem einpacken der Haare wegschmeißen und zum ausspülen nochmal neue anziehen. Wirklich gründlich und lange ausspülen. Den Haaren zuliebe bitte erstmal an Wolle o.ä. testen, ob Keratin die Prozedur mitmacht, und bitte nicht nach dem viel-hilft-viel Prinzip vorgehen. Dass andere sich dem Zeug ausgesetzt haben und nicht im Krankenhaus gelandet sind, muss nicht heißen, dass es ungefährlich sei bzw dass man selber genausoviel Glück hat.
Um die Gefahr der Kontaminierung der Haut, v.a. im Gesicht (-> Hautreizungs- und Vergiftungsgefahr!) so gering wie möglich zu halten, würde ich also auf jeden Fall warten, bis die Naturhaarfarbe etwa bis zur Schulter geht. Das dauert je nach Haarwachstum etwa zwei Jahre und ich hätte Hoffnung, dass der Farbübergang bis dahin nicht mehr so schrecklich aussieht und der Leidensdruck nicht mehr so groß ist, dass man sich das antun möchte.